1. 微生物多样性与农用微生物制品创制
1.1 特殊生境微生物资源库与新物种多相分类学研究
1.2 健康种植农业中有益微生物功能群变化规律与定向构建
1.3 核心功能微生物(群)发掘、高密度发酵与工业化开发
2. 创新微生物药物的发现、优化与作用机制
2.1 微生物药用次级代谢产物的基因组挖掘与生物活性评价
2.2 先导化合物的生物合成与结构优化（包括组合生物合成与化学合成）
2.3 农用先导化合物的杀菌、抗病、抗逆或促生机制
3. 代谢工程与合成微生物技术
3.1 先导化合物的生物合成调控机制与代谢工程改造
3.2 重要先导化合物的合成生物学重构与产业化
3.3 酶定向进化与特定结构高效表达底盘系统构建
