本课题组面向国家重大需求，以技术需求为导向，开展微生物生态学理论与技术研究，为行业技术创新提供决策依据和技术支撑，重点开展以下四个领域的研究工作：
1．土壤病毒生态学
土壤病毒生态功能与生物地球化学循环
土壤病毒的多样性及复制策略
土壤有机质转化和累积的病毒调控机制
土壤微生物多样性形成的病毒驱动机制
植物-微生物-病毒互作？
2.环境微生物生态学
污染物微生物生态效应
有机污染物降解机理与生态系统功能提升
合成微生物组与污染修复菌剂研发
3.石油微生物学
油藏微生物资源与生理生态学
油藏微生物酸败（次生硫化氢）溯源与危害防控技术
微生物提高原油采收率技术（MEOR）
4.微生物资源开发与应用
微生物表面活性剂合成与应用
耐低温微生物资源挖掘与应用
农业废弃物资源化处理与应用
研究组共21人，其中研究员2人，副研究员2人，高级实验师1人，特别研究助理1人，特聘研究助理1人，博士研究生4人，硕士研究生10人。