主持研究所全面工作。 主要负责战略规划、学科建设、改革发展；重大政务，重大任务、成果、平台；干部与人才队伍建设；智库与信息化建设、期刊出版。 具体分管综合办（智库建设）、信息中心。
主持研究所党委工作。 分工负责党的建设、人事管理、研究生培养与思政教育；成果转化与院地合作、知识产权管理；安全保密；基建与园区后勤管理。 协管改革发展、干部与人才队伍。 具体分管人事教育处、党群办、科技处（院地合作、知识产权）、综合办（后勤保障）。负责联系土壤生态与农业生态工程中心。
主持研究所纪委工作。 分工负责纪检、监督、审计；统战、工青妇和离退休工作；创新文化与制度建设；日常政务、信息宣传、综合档案。 协管党建日常工作及安全保密。 具体分管党群办（监督审计室、工会、离退办）、综合办（信息宣传、综合档案）。
分工负责科研计划、科技项目与成果管理；财务、资产管理；国际合作；学风道德与科技伦理。 协管战略规划与学科建设、智库与信息化建设。 具体分管科技处（科研计划、项目与成果、国际合作）、财务资产处。负责联系森林生态与林业生态工程中心。
分工负责重点实验室、野外台站等科研平台；科普工作；仪器设备研制与共享管理。 协管科技项目与成果管理、成果转化与院地合作。 具体分管科技处（科研平台、科学普及）、重点实验室、野外站、公共技术中心（农产品安全与环境质量检测中心）。 负责联系污染生态与环境生态工程中心。