研究所定位：
面向国家生态文明建设的重大战略需求——以碳中和、黑土地保护、国家生态安全等为研究目标，以深入实施院“率先行动”计划为统领，以全国重点实验室布局建设为重心，针对现代农林业可持续发展和生态环境建设中亟需解决的重大科技问题，瞄准国际应用生态学发展前沿，在森林生态与林业生态工程、土壤生态与农业生态工程、污染生态与环境生态工程领域开展基础性、战略性和前瞻性研究。完善和创新应用生态学理论、方法和技术体系；聚焦退化生态系统恢复-重建与生态安全、黑土地保护-利用与粮食安全、污染环境治理-改善与低碳绿色发展；为东北工农业现代化和新型城镇化提供生态与环境保障，为生态文明-美丽中国建设提供科技支撑。到2025 年，林、农、环三大主攻领域和相关优势学科达到国际领先、并跑水平，国际影响力得到大幅提升，研究所力争成为国际一流的生态学研究机构和国家生态文明建设战略高地。
主攻方向与重大任务：
（一） 北方生态屏障功能维持机制与提质增效技术
重大科研任务一：林草生态系统功能/质量/稳定性综合评估
重大科研任务二：林草生态系统功能形成与维持的生物-非生物-结构调控耦合机制
重大科研任务三：北方生态屏障提质增效的技术体系及示范
（二） 黑土地功能提升机制与绿色肥料研发关键技术
重大科研任务一：黑土地土壤生产与生态功能提升机制
重大科研任务二：黑土区土壤水分养分循环过程与调控
重大科研任务三：双控功能型绿色专用肥料研发关键技术
（三） 区域性跨介质复合污染机理与修复技术
重大科研任务一：区域环境质量的形成机制和时空演化模型研究
重大科研任务二：多尺度多介质复合污染风险评估和修复方法
重大科研任务三：区域性典型污染物的修复技术与工程示范
新兴前沿方向和未来技术：
（一）陆地生态系统碳汇形成机制与提升技术
（二）土壤食物网对维持黑土健康的影响机制与调控途径
（三）近岸海域关键新污染物的安全转化理论及技术
（四）基于除草剂面源污染土壤修复的合成功能微生物组技术
（五）城镇化综合生态环境效应及调控技术
发展规划